用Python计算N50基因组大小的方法详解

N50是常用的基因组大小评估指标之一，它表示基因组中所有序列长度从长到短排序后，使得前50%的长度总和大于等于N50值。计算N50基因组大小的方法如下

1. 将所有序列按照长度从长到短排序。

gth 0.5。

4. 从长到短依次累加序列长度，当累加和大于等于 threshold 时，该序列长度即为 N50。

实现计算N50基因组大小的示例代码

def calculate_N50(sizes)

sizes.sort(reverse=True)gth(sizes)gth 0.550 = 0 sizes50 += size50 > = threshold size

sizes = [1000, 500, 200, 100, 50]50 = calculate_N50(sizes)t50) 输出 500

gth 和前50%长度总和 threshold。接着，函数从长到短依次累加序列长度，当累加和大于等于 threshold 时，返回当前序列长度，即为 N50。，我们使用示例数据测试了函数的正确性，输出结果为500，符合预期。

计算N50基因组大小的方法非常简单，只需要按照上述步骤编写代码即可。

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